Les thrombopénies constitutionnelles (TC) sont des entités hétérogènes mais certainement sous-diagnostiquées car souvent étiquetées à tort thrombopénies auto-immunes. Les patients atteints de TC font souvent l’objet d’une errance diagnostique, source de retard à la prise en charge voire d’erreurs thérapeutiques. Grâce aux progrès des techniques de séquençage, les anomalies génétiques à l’origine de ces thrombopénies sont à présent mieux caractérisées. Ces mutations sont souvent localisées dans des gènes impliqués dans la mégacaryopoïèse, notamment dans des gènes codant des facteurs de transcription (RUNX1, FLI1, GATA1, GFI1B, ETV6). Le diagnostic précis de ces TC est nécessaire car elles n’ont pas toutes le même pronostic, certaines pouvant notamment se compliquer d’hémopathies malignes. Un des défis actuels consiste à mieux appréhender les mécanismes à l’origine des TC afin de déterminer des biomarqueurs spécifiques, d’améliorer l’interprétation des nouveaux variants identifiés, de faciliter le diagnostic par les laboratoires non spécialistes et ainsi de réduire l'impasse diagnostique.
Le projet BIOFIT se focalisera sur la TC associée à des variations du gène ETV6, pour laquelle nous avons une expertise. Nous avons identifié 6 variants du gène ETV6 dans des familles non apparentées souffrant de TC. Les mécanismes responsables de cette thrombopénie ne sont pas connus. La perte de fonction d'ETV6 et les modifications épigénétiques qui en résultent, pourrait déréguler des gènes clés jouant un rôle dans le développement de la TC et des complications hématologiques qui lui sont associées. La compréhension des mécanismes sous-jacents de la maladie permettra d'identifier des biomarqueurs de diagnostic et de pronostic, ainsi que de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles.
L'objectif principal de ce projet est d'obtenir une signature moléculaire de la TC liée ETV6.
Le projet BIOFIT s'articulera autour de 2 axes principaux : 1) Identifier les gènes régulés par ETV6 en relation avec des modifications épigénétiques. Pour cela, nous intégrerons les résultats de ChIP et single cell RNA-Seq obtenus dans les mégacaryocytes et les cellules mononuclées circulantes issus de témoins et de patients porteurs de variants ETV6. L'identification de cibles d'ETV6 nous permettra de déterminer le réseau de gènes potentiellement impliqué dans la thrombopénie. 2) Valider le rôle fonctionnel des voies dérégulées identifiées dans les cellules iPS dérivées de patients porteurs de variants ETV6.
Le programme BIOFIT permettra d'acquérir une connaissance approfondie des mécanismes de la thrombopénie liée à ETV6 en mettant l'accent sur la régulation épigénétique. Les approches proposées conduiront à l'identification de biomarqueurs de diagnostic et de pronostic. Enfin, le développement d'un modèle in vitro (iPSCs) pour la thrombopénie liée à ETV6 fournira un outil pour étudier les mécanismes de la maladie, la différencier des autres TC et tester les effets des médicaments.
Les attendus du point de vue des enseignants / des chercheurs / des étudiants / du monde socio-économique sont :
- Identifier les gènes clés dérégulés impliqués dans la mégacaryopoïèse en présence de mutations ETV6. Ces gènes peuvent représenter des cibles potentielles pour le diagnostic, le pronostic ou la thérapie.
- Démontrer que l'expression dérégulée des gènes ciblés joue un rôle central à un stade clé de la différenciation des mégacaryocytes.
- Développer un modèle in vitro de la maladie. Le développement de l’outil « iPSC » sera particulièrement utile pour réaliser des études fonctionnelles et confirmer la contribution des cibles identifiées. Cet outil sera transposable à d'autres pathologies plaquettaires affectant la production de plaquettes et également à d’autres pathologies héréditaires étudiés par les chercheurs de notre laboratoire.