L'institut possède un certain nombre de partenaires au travers de programmes de recherche dans le cadre notamment d’EUROFUSION, du PAI, d’A*Midex, de laboratoires communs, au travers de manifestations scientifiques coorganisées, au travers de diplômes co-accrédités, au travers de stages et de sujets de thèses communs.

CEA

Le CEA est un des partenaires historiques clé de l'institut dans le cadre de diverses activités scientifiques et pédagogiques. Deux invités permanents siègent au conseil de l'institut. Les activités communes sont conduites au travers d'actions et programmes collaboratifs entre l'ISFIN et :

• L’IRFM : Institut de Recherche sur la Fusion par confinement Magnétique de la Direction de la Recherche Fondamentale
• L’IRESNE : Institut de Recherche sur les Systèmes Nucléaires pour la production d’énergie bas carbone de la Direction des Energies
• Le programme national du réacteur Jules Horowitz

Des accords et programmes dans le cadre de 2 laboratoires communs :

• Le LIMMEX : Laboratoire d’Instrumentation et de Mesures en Milieux EXtrêmes adossé à l’IM2NP (AMU-CNRS-CEA) créé en 2010
• Le MISTRAL : Laboratoire Modeling, Inspection and characterization of materials and STRuctures for Advanced Low carbon energies adossé au LMA (MISTRAL, AMU-CNRS-ECM-CEA) créé en 2019

Co-organisation d'événements scientifiques  :

• ANIMMA : la conférence Internationale Advancements in Nuclear Instrumentation, Measurement Methods and their Applications
• EFMMIN : l’école Franco-Marocaine de la Mesure et de l’Instrumentation Nucléaires

Un renforcement du lien formation/recherche :

• Des diplômes co-accrédités et/ou en corresponsabilité sont proposés au sein du master de Physique et du master Instrumentation Mesure Métrologie
• Un programme de mobilité sortante pour les apprentis du Master Instrumentation Mesure Métrologie (MOBIL-APP) dans le cadre de l’académie d’excellence d’A*Midex est proposé en collaboration avec le CEA et des partenaires internationaux

ITER

L’institut conduit également plusieurs actions collaboratives avec ITER organisation. On peut citer à titre d'exemple : 

• l'Internationale ITER School (IIS)
• des thèses en codirection
• des séminaires pour les étudiants en master

Partenaires Académiques et instituts

• l’Université  de  Kyushu
• l’Université  d’Osaka
• le Nuclear Reactor Laboratory du MIT
• l’Université Mohammed V
• l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne EPFL
• le Jozef Stefan Institut
• l'IRSN

Industriels

• EDF

Centres nucléaires à l'étranger

• le centre nucléaire Belge SCK-CEN
• le centre nucléaire polonais NCBJ
• le centre nucléaire marocaine CNESTEN