L’institut possède dans son périmètre trois écoles doctorales :
• ED 352 Physique et Sciences de la Matière
L’Ecole Doctorale « Physique et Sciences de la Matière » (ED 352) regroupe les doctorants d’Aix-Marseille Université (AMU) et de l'Ecole Centrale de Marseille (ECM) travaillant sur des thématiques de recherche en physique fondamentales et appliquées.
Les doctorants de l'ED 352 mènent leurs recherches dans l'un des 10 laboratoires de l'Université d'Aix-Marseille ou dans l'une des 4 équipes de recherche du CEA Cadarache associés à l'école doctorale.
• ED 250 Sciences Chimiques
L'Ecole doctorale des Sciences Chimiques (ED 250) rassemble des unités et d'équipes de recherche de Marseille qui ont une activité scientifique reconnue dans les domaines variés : chimie organique, chimie physique, chimie des matériaux et chimie théorique. L’École Centrale Marseille (ECM) inscrit ses doctorants en chimie à l'ED Sciences Chimiques en tant qu'établissement co-accrédité avec Aix Marseille Université.
• ED 353 Physique et Sciences pour l’Ingénieur
L’Ecole Doctorale « Sciences Pour l'Ingénieur » (ED 353) regroupe les doctorants d’Aix-Marseille Université (AMU) et de l'Ecole Centrale de Marseille (ECM) travaillant sur des thématiques de recherche en sciences pour l'ingénieur fondamentales et appliquées.
Les doctorants de l'ED 353 mènent leurs recherches dans l'un des 6 laboratoires de l'Université d'Aix-Marseille (IM2NP, IRPHE, IUSTI, LMA, M2P2, PRISM) ou dans l'une des équipes de recherche rattachées à l'ED du CEA Cadarache, de l'IRSN Cadarache, du CReA de Salon, ou de l'INRAe d'Aix.